LichtLab Sequencing - run details
Back to list
Project
*
Choose one...
Evans MDS
H2B - E76K
LeleLab collaboration
Melanoma
NSD2 - E1099K
Other
SETD2 inhibitor
UTX - KDM6A
Assay
*
Choose one...
RNA-Seq
ChIP-Seq
CUT&RUN
ATAC-Seq
scRNA-Seq
CRISPR
Title
*
Organism / cell line
*
ICBR number (if known)
Owner
Notes
mouse Bone marrow cells before and after differentiation
Samples
Enter sample names, one per row. If possible, use the format COND_SMP, where COND is an experimental condition and SMP is a unique sample name.
2067-A 2067-B 2067-C 2068-A 2068-B 2068-C 2070-A 2070-B 2070-C 2071-A 2071-B 2071-C 2088-A 2088-B 2088-C 2104-A 2104-B 2104-C 2087-A 2087-B 2087-C 67D-A 67D-B 67D-C 68D-A 68D-B 68D-C 70D-A 70D-B 70D-C 71D-A 71D-B 71D-C 88D-A 88D-B 88D-C 04D-A 04D-B 04D-C 87D-A 87D-B 87D-C
Contrasts
Enter contrasts, one per row. A contrast consists of two sample name separated by spaces, as in "Test Control".
67D vs. 2067 68D vs. 2068 70D vs. 2070 71D vs. 2071 88D vs. 2088 04D vs. 2104 87D vs. 2087 Undifferentiated- Kmt2c het (2067) vs Wild type (2068 & 2087) Dnmt3a het (2104) vs Wild type (2068 & 2087) Double het (2070, 2071 & 2088) vs Wild type (2068 & 2087) Dnmt3a het (2104) vs Kmt2c het (2067) Double het (2070, 2071 & 2088) vs Kmt2c het (2067) Double het (2070, 2071 & 2088) vs Dnmt3a het (2104) Differentiated- Kmt2c het (67D) vs Wild type (68D & 87D) Dnmt3a het (04D) vs Wild type (68D & 87D) Double het (70D, 71D & 88D) vs Wild type (68D & 87D) Kmt2c het (67D) vs. Dnmt3a het (04D) Double het (70D, 71D & 88D) vs Kmt2c het (67D) Double het (70D, 71D & 88D) vs Dnmt3a het (04D)
Options
ERCC spike-ins
Dmel spike-ins
Ecoli spike-ins
Analyzed
Analysis notes